Como Jogar
Introdução
Para começar sua jornada, você precisará de um companheiro Pokémon. O mesmo pode ser obtido logo ao iniciar o jogo falando com o Professor Elm, que encontra-se no laboratório de New Bark Town. Ele lhe dará a opção de escolher dentre os três Pokémon iniciais de Johto, sendo eles Chikorita, Totodile ou Cyndaquil. Após escolher um, você ganhará uma Pokéball com o Pokémon escolhido e ela irá diretamente para o seu inventário.
Para tirar seu Pokémon da Pokéball, basta arrastar a Pokéball para o slot que encontra-se abaixo da barra de HP do seu personagem, e clicar com o botão direito no mesmo.
Batalhando
Agora com seu Pokémon, você poderá dar início a sua aventura pelo continente de Johto.
Ao explorar o continente, você irá encontrar diversos tipos de Pokémon selvagens. Ande sempre com seu companheiro fora da Pokéball, caso contrário, os Pokémon irão atacar seu personagem diretamente, que ao ficar sem HP, irá desmaiar e será teleportado ao Centro Pokémon de origem.
Cada Pokémon possui ataques diferentes (mínimo 1 e máximo de 12 ataques), com efeitos e elementos distintos. É com eles que você poderá derrotar seus oponentes.
Para atacar Pokémon selvagens, você deve selecioná-los clicando com o botão direito do mouse. Assim, o Pokémon selvagem ficará marcado com um círculo vermelho ao seu redor, o que fará seu Pokémon tratá-lo como alvo.

Após derrotar qualquer Pokémon selvagem, você ganhará uma quantidade de experiência proporcional à dificuldade do Pokémon derrotado e, o mesmo poderá dropar itens em seu corpo (loot).Você pode utilizar os ataques do seu Pokémon clicando em seus ícones na "Movebar", ou usando os atalhos padrões do jogo (F1, F2, F3, etc) que utilizam os golpes padrão. Leia mais sobre os atalhos e configurações do jogo clicando aqui.
Obtendo Itens
Após derrotar um Pokémon selvagem, ele ficará desmaiado e assim terá uma chance do mesmo "dropar" um item. Essa informação é mostrada ao derrotar um Pokémon (Loot from Pikachu), onde o mesmo pode dropar seus itens característicos ou simplesmente nada. Você pode checar os itens obtidos de cada Pokémon utilizando a Pokédex no mesmo (pelo atalho CTRL + D).

Capturando um Pokémon
Ainda com o Pokémon desmaiado, você terá a chance de capturá-lo! Para isso, basta utilizar uma Pokéball vazia, clicando com o botão direito, e clicando no corpo do Pokémon. Dependendo da sua sorte, você poderá capturar o Pokémon, ou a Pokéball poderá quebrar e ele irá fugir.

Lembre-se: um Pokémon ficará desmaiado durante 60 segundos (180 caso seja Shiny), então não demore ao escolher qual Pokéball você deseja utilizar!